No tiene por qué, puede rechazarlas siempre, o nunca, eso depende del hamster y de las condiciones en las que viva. Y lo de rechazarlas, más bien diría que cuando sale mal, lo que hace es comérselas, no rechazarlas.
No toques ni limpies la jaula desde antes del nacimiento hasta que las crias salgan por su cuenta del nido. Manten una buena dieta desde el embarazo, y que jamás falte la comida en la jaula, ni el agua, que debe estar limpia. Proporciona material adecuado para el nido (papel higiénico o de cocina, por ejemplo, nunca algodón normal ni algodón para hamsters). No tengas la jaula en un sitio con mucho movimiento, ni ruido ni jaleo, no los mires demasiado, no destapes el nido. No muevas la jaula de sitio.
Y sobretodo el macho fuera de la jaula en cuando haya quedado la hembra preñada.
Si sigues todos los pasos, no tiene por qué suceder nada malo.