Partimos cada berenjena por la mitad y las llevamos al microondas 10 minutos para que se ablanden. Las sacamos y la horneamos a 200º durante cuarenta minutos o hasta que estén bien blandas.
Cortamos en cuadraditos el resto de verduras y las pochamos en una sartén con un chorrito de aceite de oliva. Cuando estén tiernas añadimos el tomate y las especias y subimos el fuego hasta que el tomate reduzca.
Retiramos el interior de las berenjenas con ayuda de una cuchara y lo añadimos al pisto. Escurrimos el atún y lo añadimos también.
Rellenamos las berenjenas y espolvoreamos queso rallado. Las llevamos al horno hasta que se gratinen.