Rubén Aguirre era ejecutivo de Televisión Independiente de México, donde realizó demos o aperturas para ver quien se quedaba con el programa; así es como conoció a Roberto Gómez Bolaños(Chespirito), con quien entabla amistad realizando programas como Los supergenios de la Mesa Cuadrada, Chespirotadas(1968-1971), en donde encarnó al personaje del Profesor Jirafales y el Ciudadano Gómez entre otras. Rubén Aguirre actuó también en el Chapulín Colorado (1970-1992), donde dio vida al personaje del fiero gángster Rufino Rufián. También interpretó muchos otros personajes creados por Roberto Gómez Bolaños entre los que destacan Lucas Tañeda, el fiel compañero lunático de Chaparrón Bonaparte en Los Chifladitos" (1971 y 1980-1995) y del policía Sargento Refugio en Los Caquitos (1980-1995) y también como don Albertano Dueñas en la telenovela Soñadoras (1998-1999).
En sus últimos años en activo trabajó como productor, y dirigió su propio circo, con el cual realizó giras a varios países, principalmente de Latinoamérica. Tras 46 años de carrera artística, anunció su retiro en el 2013.1
En agosto de 2014, Aguirre fue hospitalizado de emergencia en el Instituto Mexicano del Seguro Social de la ciudad de México,2 pero al cabo de unos días le dieron el alta médica.
La madrugada del 17 de junio de 2016, el actor y compañero de Aguirre en El Chavo del Ocho, Édgar Vivar, comunicó víaTwitter el fallecimiento de Aguirre, pocos días después de haber cumplido 82 años.1