"El día que perdamos la humildad, habremos puesto el primer ladrillo para construir el edificio de nuestro fracaso"
(Mahatma Gandhi)
MICROBIOLOGÍA DE LOS ALIMENTOS
(Parte 10)
Deterioro microbiano en alimentos
El deterioro o alteración de los alimentos comprende todo cambio que los convierte en inadecuados para el consumo; se debe a múltiples causas. A menudo es difícil señalar si un alimento está realmente alterado ya que varían las opiniones acerca de si un alimento es apto para el consumo o no. Tales diferencias de opinión son especialmente evidentes cuando se contemplan bajo un punto de vista mundial, como se deduce del bien conocido ejemplo siguiente. Los británicos prefieren la carne de caza que se deja colgada varios días para que sufra una serie de cambios organolépticos que favorecen la aparición de un fuerte aroma. Mientras los británicos consideran que esta carne es una delicia los ciudadanos de otros países, incluidos los estadounidenses, la consideran alterada e inaceptable.
La alteración de los alimentos puede deberse a:
La alteración originada por los microorganismos es, sin ninguna duda, la más importante de las citadas y en este capítulo le prestaremos especial atención. Basándose en la sensibilidad de los alimentos a la alteración pueden clasificarse como estables o no alterables (harina), semialterables (las manzanas) y alterables (carnes curadas). La inclusión de un alimento dado en uno de estos grupos depende de muchos factores interrelacionados. Así la harina de trigo o de maíz, es intrínsecamente un alimento estable debido a su baja aw, pero un almacenamiento deficiente que facilite la absorción de humedad, la convierte en un producto alterable. Al estudiar la alteración de los alimentos crudos debe asumirse que en el alimento hay inicialmente una gran variedad de microorganismos y que, cuando se inicia el crecimiento microbiano, algunas especies se encuentran con unas condiciones más favorables que otras y en consecuencia, aquéllas sobrepasarán en desarrollo a las últimas. De hecho, el crecimiento competitivo de las estirpes favorecidas, generalmente se traduce en el predominio de una o dos cepas, que se convierten en la flora más abundante y en la responsable de la alteración observada. De aquí que, aunque en un tipo dado de alimento los microorganismos deteriorantes representan sólo una parte muy pequeña de la flora inicial se convierten en los predominantes bajo una serie de condiciones de almacenamiento específicas; como resultado en un alimento concreto y bajo unas condiciones de almacenamiento determinadas puede predecirse, el tipo específico de alteración microbiana que aparecerá. En este momento debe señalarse, sin embargo, que la especie microbiana predominante en el momento de la alteración no siempre es la responsable de la última; por ejemplo, en el pescado se ha observado que las especies auténticamente alterantes sólo suponen el 30 % de la flora total en el momento del deterioro.
Aunque los tipos predominantes y los alterantes pueden estar muy próximos taxonómicamente (esto es, pertenecer al mismo género e incluso a la misma especie), sólo los últimos inducen los cambios químicos asociados a la alteración. Como señaló Ingram (1971) la extensión del cambio químico producido por una sola célula microbiana es muy pequeño, de forma que las alteraciones detectables por medios químicos ortodoxos sólo pueden producirlos las poblaciones microbianas que alcancen la máxima densidad posible. Ingram calculó que para inducir una alteración, detectable varios días en los alimentos, se necesitan unas 108 bacterias por gramo y sugirió que el deterioro producido cuando el número de bacterias es bastante menor que el citado, no tiene un origen bacteriano. Las poblaciones microbianas de los alimentos y en particular las bacterianas, rara vez superan unas 1010 células por gramo, por lo que pueden inferirse que los microorganismos responsables de la alteración, aunque no siempre predominen, es muy fácil que representen una parte importante de la flora cuando esté avanzado el deterioro. Lo antedicho se refiere fundamentalmente a la alteración de los alimentos crudos. Los procesados por calentamiento sufren unos tipos de deterioro especiales debidos a la acción selectiva del calor en los microorganismos del alimento. Ni que decir tiene que la intensidad de la selección microbiana dependerá del tiempo y de la temperatura a que se calentaron los alimentos; cuanto más drástico haya sido el tratamiento, tanto menores serán el número y la variedad de microorganismos sobrevivientes. Por lo tanto, la alteración de los alimentos enlatados puede deberse a un solo microorganismo resistente a las condiciones de procesado; se trata corrientemente de una bacteria productora de esporas muy termorresistente.
a. ALTERACIONES EN CARNES FRESCAS
En la superficie externa y en el tracto intestinal de los ganados vacuno, lanar y porcino hay ya, antes del sacrificio, un gran número y una gran variedad de microorganismos. En la piel de los bóvidos son corrientes los recuentos que superan los 105 microorganismos por cm2 y en los cerdos sin lavar y en la lana de las ovejas se han alcanzado recuentos sustancialmente mayores (unos 108 por cm2). Sin embargo, se admite que el tejido muscular subyacente es normalmente estéril, salvo en los animales infectados. El sacrificio de los animales con pistola de bala cautiva y las operaciones subsiguientes, como degollación, desollado, evisceración y despiece, comunes a todos los animales, originan la contaminación de los tejidos subyacentes que antes eran estériles (las ovejas y los cerdos ordinariamente sufren el aturdimiento eléctrico, que no implica contaminación microbiana). Obviamente será la superficie de corte del músculo recién hecha, la que albergará la mayoría de los microorganismos contaminantes, pero el tejido profundo con el tiempo se contamina a partir del aporte de la sangre de las vísceras. Los recuentos bacterianos totales de las superficies de corte de los músculos corrientemente varían entre 103 y 105 microorganismos por cm2, que proceden principalmente del exterior y del intestino del animal y también de los cuchillos, otros utensilios, mesas de carnización, etc., por lo que a menudo las variaciones de los recuentos reflejan las condiciones higiénicas del matadero.



Al estudiar los cambios químicos que ocurren durante la alteración abajas temperaturas debe diferenciarse entre los cambios inducidos por los enzimas naturales presentes en los tejidos animales y los debidos a los enzimas bacterianos. De hecho esta diferenciación es difícil, por ello hasta los años 1970 no se comprendieron bien los originados por las bacterias como tales. En los aminoácidos de las carnes almacenadas acaecen cambios que se deben a cualquiera de estas series de enzimas. Inicialmente las bacterias atacan a la glucosa, a los aminoácidos y a otros compuestos de bajo peso molecular, como los nucleótidos, más que a las proteínas de la carne. Estos cambios se acompañan de un marcado aumento del pH, desde aproximadamente 5,6 hasta incluso 8,5, debido fundamentalmente a la formación de amoniaco por degradación bacteriana de los aminoácidos; en consecuencia los valores del pH se han utilizado para establecer la capacidad de conservación de la carne. La proteólisis, es decir, la escisión de las proteínas de la carne, sólo tiene lugar en los últimos estadios de almacenamiento y únicamente se observa cuando aparecen otros signos alterativos. La degradación de las proteínas se debe a la actividad de las proteasas bacterianas y se nota primero cerca de la superficie de la carne; sin embargo, con el tiempo estos enzimas penetran más profundamente en los tejidos. Las pseudomonas son las principales responsables de la proteólisis que acaece cuando su número supera las 109 por cm2. Como resultado del desarrollo microbiano se producen grandes cantidades de compuestos volátiles; de ellos, acetona, metil-etil-cetona, dimetil-sulfuro y dimetil-disulfuro, son probablemente los que mejor se relacionan con la intensidad de la alteración. Muchas pseudomonas son también productoras activas de lipasa a bajas temperaturas y por lo tanto están con frecuencia implicadas en la hidrólisis de las grasas, proceso que da lugar a la producción de aromas repugnantes como consecuencia de la formación de ácidos grasos.
Las bacterias alterantes también producen lipoxidasas que aceleran la oxidación de los ácidos insaturados a aldehídos y de esta forma contribuyen al problema conocido como rancidez oxidativa. La rancidez oxidativa se produce normalmente por una incorporación lenta de oxígeno y no es de origen microbiano. Se sabe, sin embargo, que la alteración bacteriana de la superficie de los tejidos grasos de la carne fresca sigue un curso similar al de la degradación proteica y de nuevo el ataque de las bacterias a los lípidos tiene lugar cuando la alteración está muy avanzada. Con respecto a las carnes curadas, los ingredientes principales de las sales del proceso de curado son sal y nitrato y/o nitrito sódico. La sal se incorpora como agente conservador que actúa disminuyendo la aw de la carne. Pseudomonas sp., de importancia en la alteración de las carnes refrigeradas, es muy sensible a la disminución de la aw y a ella se debe, en parte, la relativa estabilidad de las carnes curadas. El papel del nitrato en el control de la alteración no está claro, si bien es muy útil para el desarrollo del color rojo de estas carnes, siendo reducido a nitrito por las bacterias. El nitrito, además de colaborar al color de la carne, ejerce un papel principal al prevenir la germinación y el crecimiento de las esporas. El nitrito per se no es muy activo, pero su eficacia la refuerzan ciertos factores como concentración de sal, pH y temperatura de almacenamiento, todos los cuales son importantes en la estabilidad de las carnes curadas. 
El curado puede llevarse a cabo por uno de los tres procedimientos fundamentales siguientes: en el primero, curado en seco, los agentes del curado se aplican por frotación a la superficie de la carne, mientras que en el segundo, salmuerado, las carnes se sumergen en una salmuera de los agentes del curado. En ambos métodos las carnes se mantienen a 3 – 4 ºC hasta que los agentes penetran en el centro de las piezas. Estas bajas temperaturas disminuyen las posibilidades de crecimiento de los anaerobios de la putrefacción, pero pueden surgir problemas de alteración debido a una lenta penetración de la salmuera. Estos problemas se superan en gran parte en el tercer procedimiento, salmuerado por inyección, introducido en los últimos años. En este procedimiento la salmuera se inyecta en los tejidos más profundos mediante agujas largas, dotadas de varios orificios en toda su longitud, que se disponen en filas, de forma que tienen lugar a la vez varios cientos de inyecciones separadas. Una variedad de esta técnica consiste en bombear la salmuera por el sistema vascular que la canaliza a las distintas regiones orgánicas. En ambos procedimientos, las carnes se someten posteriormente a inmersión en salmuera. Para aumentar la vida útil del bacon se ha desarrollado más recientemente una técnica de salado en seco en la que las semicanales para bacon se hacen pasar por una nube de sal en polvo, después de sacadas de la salmuera de curado. Las salmueras empleadas en el curado del bacon contienen corrientemente 20 – 27 % de sal que ejerce un profundo efecto en los tipos de microorganismos existentes. La flora predominante de una salmuera típica de curado Wiltshire está dominada por los micrococos que toleran la baja aw del entorno. Durante el curado estos microorganismos se convierten también en los predominantes en las semicanales, por lo que la flora normal heterogénea de las carnes frescas es en gran parte sustituida por este grupo. Los Micrococcus sp., además de crecer en medios de cultivo con 20 % de NaCl, son psicrótrofos y se desarrollan a 4 ºC. Otra de sus importantes características es su capacidad de reducir los nitratos a nitritos y por lo tanto juegan un papel importante en parte del proceso de curado. Terminada la curación, que dura de 4 a 14 días, las semicanales de bacon se escurren y se dejan madurar otros 5 – 10 días a 4 ºC; durante estos procesos tiene lugar una disminución gradual de la concentración de sal del bacon hasta niveles bien por debajo del 10 %. De hecho el bacon con mayores concentraciones salinas es el que tiene una concentración final de sal >5 %; al final de la maduración los recuentos bacterianos de este tipo de bacon varían entre 104 y 106 por cm2, y aunque se mantiene el predominio de los micrococos (>60 %), aumenta la proporción de bacterias Gram negativas, en especial Acinetobacter y Vibrio sp. Este cambio de flora no se aprecia en la corteza, posiblemente debido a su menor (Gardner y Patton, 1969). Durante el almacenamiento subsiguiente del bacon aumenta gradualmente el número de bacterias hasta un máximo de aproximadamente 108 microorganismos por cm2, después de 2-3 semanas a 10 ºC. 
En este momento la flora se compone de proporciones, aproximadamente iguales, de los géneros Micrococcus, Vibrio y Acinetobacter, aunque si el bacon se mantiene en condiciones de frío los vibrios predominan, sobre todo en la superficie. El gran recuento de la superficie de una semicanal de bacon se asocia a la formación de limo y generalmente se debe a vibrios halófilos, pero no habrá deterioro manifiesto alguno de la calidad del bacon dado que los cambios en el interior de la carne son normalmente mínimos. Uno de tales cambios es el hueso hediondo que se debe principalmente a vibrios y micrococos. Se caracteriza por un olor desagradable que se aprecia al deshuesar el bacon; se debe a un mal curado o al empleo de carnes con un pH demasiado alto. Cuando eventualmente tiene lugar el deterioro, generalmente se debe a micrococos y vibrios, junto con diversas levaduras y mohos, incluidos respectivamente Torulopsis sp. y Aspergillus sp. Los olores y sabores repugnantes generalmente se asocian más a la grasa que a la carne magra, si bien en la última los micrococos pueden producir cambios proteolíticos. La hidrólisis de las grasas se debe a las lipasas bacterianas y tisulares, mientras que la rancidez oxidativa origina el amarilleamiento de la grasa. Además de proporcionar un aroma y color apetecibles, el ahumado también contribuye a la conservación del bacon. Su efecto es a la vez bacteriostático (es decir, frena el crecimiento bacteriano) y bactericida (destruye las bacterias) si bien los mohos también se afectan en cierto grado. El humo actúa de dos formas: primero, al desecar la superficie disminuye más la aw y acentúa los efectos de la sal; segundo, impregna los tejidos de conservantes químicos como el formaldehído y los fenoles que inhiben el desarrollo microbiano. Además durante el proceso de ahumado se destruye un gran número de bacterias del bacon, dependiendo del tiempo y tipo de ahumado (Handford y Gibbs, 1964). Micrococos, levaduras y mohos son los más frecuentemente aislados del bacon, si bien cuando se utilice el humo líquido, las bacterias lácticas serán las que predominarán lógicamente. Puesto que estas bacterias originan una alteración agria, menos ofensiva que la producida por los micrococos y en una fase más tardía, se prolonga así la vida útil del producto.
El aumentar las concentraciones de CO2 en el envase tiene sus ventajas, ya que es inhibidor frente a muchos microorganismos, incluidos mohos y pseudomonas, grupo el último que constituye la flora dominante de las carnes frescas alteradas. Las bacterias lácticas y las levaduras son mucho más resistentes a niveles altos de CO2 por lo que es de esperar que aparezcan en la alteración característica de las carnes envasadas (Ingram, l%2). Otro factor que afecta al tipo de alteración microbiana es la aw que, lógicamente, es alta en los envases de película impermeable. Puesto que el envase no pierde agua, el desarrollo microbiano no se ve frenado por la caída de la aw, sin embargo, en el interior del envase sus efectos se subordinan a los del dióxido de carbono y del oxígeno. Cuando la carne envasada se almacena a temperaturas cálidas experimenta los cambios putrefactivos corrientes. Por ello esta carne se almacena siempre a temperaturas de refrigeración; sólo se estudiará la carne así almacenada. El crecimiento de los microorganismos de las carnes frescas envasadas a vacío, almacenadas a 3-5 ºC, se retrasa observándose corrientemente un período de latencia de 3 a 5 días. El crecimiento subsiguiente es lento y continúa aproximadamente 10 días, transcurridos los cuales el recuento total viene a ser de 107 microorganismos/cm2 (o por gramo en la carne picada); esto supone aproximadamente el 1 % del alcanzado en películas permeables. Cualitativamente la flora microbiana del envase impermeable está dominada por las bacterias lácticas (sobre todo lactobacilos y leuconostoc) que al final del almacenamiento representan el 50-90 % de la flora total. Esto refleja su característica resistencia al acúmulo de dióxido de carbono y su capacidad de crecer en condiciones anaerobias. Las bacterias lácticas atacan preferentemente a los carbohidratos, pero debido a la escasa concentración de éstos en la carne, es relativamente poco el ácido formado y en consecuencia la caída del pH no es muy marcada. Esto significa que incluso cuando es máxima la densidad de estos microorganismos la alteración observada es poco manifiesta; se asocia a olores amargos o quesosos debido a la formación de ácidos grasos, entre los que sobresalen el acético y el butírico.
Al aumentar la permeabilidad de la película del envase, la flora alterativa cambia gradualmente a otra formada por una gran proporción de pseudomonas; por lo tanto los cambios alterativos son los típicos de la carne fresca sin envasar. Las proporciones relativas de pseudomonadales, bacterias lácticas y otros grupos, menos significativos, dependen principalmente de la concentración de dióxido de carbono en el envase. Entre los grupos nuevos significativos hay una bacteria, Brochothrix thermosphacta (antes Microbacterium thermosphactum) que es un bacilo pequeño, Gram positivo e inmóvil. Como las pseudomonas, disminuye en los envases impermeables, pero en los permeables a veces representa el 20-30 % de la flora alterante total. Contrariamente a las pseudomonas B. thermosphacta, no se afecta por la presencia de dióxido de carbono y corrientemente alcanza recuentos altos en la carne de cordero y de cerdo, sobre todo cuando se envasan en películas de permeabilidad intermedia, cuyos envases acumulan algo de dióxido de carbono si bien contienen todavía niveles bajos de oxígeno. Para prolongar la vida de almacén de la carne envasada en películas impermeables se les ha incorporado conscientemente dióxido de carbono y los problemas de pérdida de color se han minimizado con el empleo de mezclas de CO2:O2. En este principio se basa el envasado en atmósferas controladas (CAP), existiendo pruebas que indican que a las concentraciones utilizadas (por ej., 40 % de CO2 y 60 % de O2) la mezcla resulta inhibidora para los microorganismos, si bien en los últimos estadios predominan las bacterias lácticas. Otras mezclas a base de dióxido de carbono y nitrógeno (por ej., 20 % de CO2 y 80 % de N2) también prolongan la vida de almacén de estas carnes. Como se ha dicho más atrás, los micrococos son los principales tipos de bacterias que se desarrollan a las concentraciones salinas del bacon o del jamón cuando se almacena a temperatura ambiente (unos 20 ºC). Cuando este bacon se almacena envasado a vacío, los micrococos siguen predominando y su número alcanza unos 107 por gramo en aproximadamente 9 días de almacenamiento. En tomo a las 2 semanas la alteración es evidente, caracterizándose por un olor rancio. En el bacon de menor concentración salina la flora inicial es más variada y los recuentos máximos se alcanzan también en torno a los 9 días observándose la alteración unos pocos días después. 
En estas circunstancias la flora microbiana se compone de proporciones aproximadamente iguales, de micrococos, estreptococos (esto es enterococos) y otras bacterias lácticas (lactobacilos y leuconostoc) a temperaturas de almacenamiento altas (por ej., 25 ºC) las bacterias Gram negativas (por ej., Vibrio sp. y Proteus sp.) son las responsables de la putrefacción. Una de las ventajas del almacenamiento en frío, es que se requieren de 3 – 4 semanas para que el recuento microbiano alcance el máximo y por lo tanto la alteración se retrasa hasta 5 semanas. Los cambios cualitativos de la microflora durante el almacenamiento reflejan la influencia de la concentración salina y la flora es esencialmente igual a la del bacon envasado a vacío a temperaturas mayores. Con respecto a la carne de las aves, el vocablo aves se aplica a una gran variedad de aves domésticas y aunque el estudio que sigue se refiere exclusivamente a pollos y gallinas, sus fundamentos o principios sirven igualmente para otras que se consumen corrientemente, como pavos y patos. De otra parte el estudio se limitará a las aves carnizadas o faenadas industrialmente, dado que es el método corrientemente seguido para su comercialización. Cuando las aves vivas llegan al matadero albergan un gran número de microorganismos, de muchos tipos diferentes, en sus plumas, patas e intestinos. El escaldado para facilitar el desprendimiento de las plumas se realiza por inmersión de las aves, durante 30 segundos en un tanque de agua caliente (55 ºC aproximadamente). Debido al efecto de lavado y a la destrucción de las bacterias más termosensibles, entre las que figuran las alterantes psicrótrofas, disminuye el número de microorganismos de la canal. Las bacterias psicrótrofas se destruyen incluso cuando se emplean temperaturas de escaldado más bajas (unos 50 ºC para las aves cuyas canales se enfriarán por aire).

Con el empleo de la cromatografía en fase gaseosa y de la espectrometría de masas se han intentado identificar los olores extraños producidos durante la alteración de las canales de pollo en refrigeración. Freeman et al. (1976) encontraron que en estas condiciones se producían 22 sustancias volátiles y 15 de ellas se debían al ataque microbiano del tejido muscular, siendo las responsables, o estando asociadas, a los característicos olores extraños de las últimas fases de la alteración. Entre estos 15 productos figuraban ácido sulfhídrico, metil mercaptan, dimetil sulfuro, acetato de metilo, acetato de etilo, metanol, etanol y benzaldehído; la gran variedad de productos identificados ilustra claramente la complejidad de este problema en lo que se refiere al papel de los microorganismos en la alteración. Entrando ahora en el apartado de pescados y mariscos, podemos afirmar que la mayoría de los estudios microbiológicos del pescado se refieren a las variedades marinas que serán las únicas que normalmente hemos de consumir, ya sena de mar o de río. Se acepta generalmente que la musculatura de los peces sanos, recién capturados, es estéril, aunque se han encontrado bacterias en número variable en tres regiones del pescado: la capa mucosa, las branquias y los intestinos. Las cifras señaladas para la piel varían de 102 a 107 por cm , para las branquias o agallas de 103 a 106 por gramo y para el intestino de 103 a 108 por ml de contenido entérico. Sin embargo, se ha señalado que las cifras más pequeñas de las indicadas corresponden a las bacterias del pescado procedente de aguas sin contaminar, mientras que las más altas son consecuencia de unas pobres condiciones higiénicas a bordo durante las primeras fases de manipulación. Las variaciones de los ambientes marinos afectan a los tipos de bacterias de la piel y agallas de los peces recién capturados. Así en los mares más fríos del hemisferio norte la flora bacteriana está dominada por los bacilos psicrótrofos Gram negativos. Liston (1977) encontró que la flora de los peces planos del Mar del Norte (rayas y lenguados) estaba constituida por Pseudomonas sp. (60 %), Acinetobacter/Moraxella (14 %), siendo la mayoría de los tipos restantes bacilos Gram negativos y la flora bacteriana del bacalao del Mar del Norte consistía en pseudomonas (44 %) y acinetobacter (32 %),junto con una gran variedad de otros tipos. En las aguas más calientes de la India, de la costa este de África del Sur, Australia y mar Adriático la proporción de mesófilos aumentaba, siendo los micrococos y corineformes los más importantes.
Así Gillespie y Macrae (1985) encontraron que los micrococos (49 %) predominaban en los peces recién capturados de las aguas australianas; los principales grupos aislados fueron pseudomonas (sólo el 18 %), corineformes (12 %) y acinetobacter (sólo el 9 %). La evisceración del pescado a bordo extiende la flora intestinal por su superficie. Los principales microorganismos encontrados en los intestinos pertenecen a Vibrio sp., si bien hay otros muchos géneros. El pescado se lava después con agua de mar y se almacena en hielo triturado o congelado, si ello es posible. El método tradicional es el almacenamiento con hielo por lo que lo estudiaremos con cierto detalle. El hielo en el que se pretende conservar el pescado corrientemente está, a su vez, contaminado (unos 103 microorganismos por ml de agua de fusión) y además las bodegas de los barcos de pesca contienen generalmente una flora propia compuesta de Pseudomonas y Acinetobacter sp. Por lo tanto, cuando se coloca en hielo el pescado, que ya contiene una proporción bastante grande de pseudomonas, es muy probable que se contamine más con estos microorganismos. La alteración en hielo es relativamente rápida, en parte por la proporción, relativamente grande, de pseudomonas que el pescado contiene inicialmente en la piel y en parte por el pH, relativamente alto, de muchas especies de pescado. Incluso bajo las mejores condiciones a una temperatura de 10 ºC, los recuentos totales pueden superar los 108 por g, después de 12 a 14 días de almacenamiento. A veces en las bodegas de los barcos la temperatura llega a 6 – 7º C y en estas condiciones las cargas máximas se alcanzan en 5-6 días. La alteración del pescado es, por lo tanto, mucho más rápida que la de la carne cruda cuyos recuentos máximos se alcanzan únicamente después de 9-10 días de almacenamiento a 7 ºC. La calidad real del pescado desembarcado depende del tiempo que se mantuvo en hielo y de las condiciones higiénicas a bordo. Los recuentos bacterianos medios del pescado descargado en puerto, de las bodegas de barcos arrastreros, son aproximadamente 106 por cm2 de superficie de piel y cualitativamente la proporción de Pseudomonas sp., es mayor que en el pescado recién capturado. Durante un prolongado almacenamiento en hielo las pseudomonas se convierten en el grupo dominante y representan el 80-90 % de la flora alterante cuando el recuento es máximo. Hasta en el pescado procedente de aguas cálidas las pseudomonas son el grupo predominante en el momento de la alteración y por lo tanto superan a la flora inicial formada principalmente por bacterias Gram positivas. Después de desembarcado el pescado puede permanecer varias horas en la lonja en cajas sin hielo. En estas condiciones su temperatura sube y el crecimiento de las bacterias psicrótrofo fas es más rápido, de manera que cabe esperar un aumento 10 veces mayor en pocas horas. 
Las cajas de madera, usadas mucho todavía en tierra, contienen un gran número de bacterias, superando con frecuencia los recuentos de 106 por cm2; sin embargo, es probable que estas bacterias ejerzan muy poca influencia en la alteración del pescado, dado que el tiempo que permanece en las cajas se limita corrientemente a menos de 12 horas. Entonces el pescado se reenvasa en otras cajas, generalmente con hielo, transportándose al lugar de procesado, en donde, dependiendo del tipo de pescado, se filetea o procesa de otro modo. Todos estos hechos, incluido el fileteado y transporte al detallista, influyen en la flora bacteriana que se vuelve tanto más variada y con tanto mayor predominio mesofílico, cuanto mayor es la manipulación. El pescado se altera como la carne, debido a sus enzimas autolíticos naturales y a la actividad bacteriana. La alteración se origina debido fundamentalmente a la actividad enzimática de bacilos Gram negativos, especialmente pseudomonas. Durante el almacenamiento prolongado del pescado, independientemente de que se haga con hielo o sin él, estos microorganismos son invariablemente los que predominan. Se ha estudiado, con cierto detalle, el papel desempeñado por las pseudomonas en el deterioro del pescado. Se ha identificado a los microorganismos potencialmente alterantes, inoculándolos como cultivos puros, en jugo muscular esterilizado de lenguado, obtenido por presión y midiendo su capacidad de producción de olores anormales, de sustancias volátiles reductoras y de trimetilamina. Observaron que, de acuerdo con los criterios citados, sólo el 10 % aproximadamente de las bacterias iniciales eran alterantes y que su proporción nunca superó el 30 % de la flora total durante el almacenamiento a 5 ºC. 
Más tarde se identificaron las bacterias alterantes, viéndose que la mayoría pertenecían a las pseudomonadales (de las que algunas se clasificaron como Alteromonas sp.), acinetobacter y vibrios; hicieron hincapié en que si bien predominaban las pseudomonas, sólo una pequeña proporción de las mismas eran alterantes activas. Las bacterias alterantes utilizan primero los compuestos de bajo peso molecular, como nucleótidos y aminoácidos de la musculatura del pescado, siendo su degradación la responsable de los olores repugnantes y de otros signos de alteración; por lo tanto, las proteínas, igual que en la carne, juegan un papel poco importante en la alteración. Estudios con cultivos puros de pseudomonas productoras de alteración, inoculados en bloques estériles de musculatura de pescado, indican que los olores generados por cepas distintas generan olores diferentes. Algunos de los volátiles producidos tenían olor a fruta y eran probablemente ésteres, mientras otros daban olor sulfuroso. En estudios más cuidadosos, utilizando cromatografía en fase gaseosa, se han identificado algunos de los principales volátiles del pescado en fase alterativa; se trata de metil mercaptan, dimetilsulfuro, dimetildisulfuro, ácido sulfhídrico, trimetilamina, acetato de etilo y etanol. Debe señalarse que muchos de estos volátiles también se identifican en la carne en fase de alteración y que para producir olor fácilmente detectable sólo se necesitan en concentraciones muy pequeñas. Para la salazón del pescado se utilizan dos técnicas básicas, la seca y la húmeda. En la primera, empleada principalmente para la salazón de arenques en barril, se extiende sal en la superficie del pescado que se deposita en capas separadas por otras de sal. En el salado húmedo el pescado se sumerge en una solución de sal; este método se sigue cuando el pescado ha de ahumarse. 
En ocasiones se emplea una combinación de los métodos seco y húmedo. Independientemente del método seguido, la sal adicionada rebaja a la aw del pescado, como ya se ha estudiado en las carnes curadas, lo que tiene una gran influencia en los tipos corrientes de alteración. La flora normal del pescado, predominantemente Gram negativa, es relativamente sensible a las concentraciones altas de sal por lo que su número disminuye. La flora final depende de la fuerza de la salmuera. En muchas ocasiones los micrococos son la flora dominante, pero a concentraciones salinas mayores los problemas alterantes se deben a veces a un grupo especializado de bacterias. Estas bacterias, representadas por los géneros Halobacterium y Halococcus, se denominan halófilas obligadas y toleran concentraciones de sal mayores del 20 % de NaCl; de hecho para poder desarrollarse necesitan medios de cultivo con 10-15 % de NaCl. La alteración que originan es una coloración roja de la superficie del pescado (pescado rosado) y se debe al crecimiento de estos microorganismos que producen un pigmento rojo (Shewan, 1971). Otro tipo de alteración, conocido como oscurecimiento se debe a un moho halofílico, Sporendonema expizoum; se asocia a la producción de manchas obscuras que se aprecian en la superficie carente de piel del pescado salado, sobre todo bacalao, y cuya intensidad varía del chocolate al marrón de cervatillo.
El pescado ligeramente salazonado también es sensible a la producción de limo originado por la flora autóctona Gram negativa (sobre todo pseudomonadáceas); se caracteriza por la presencia en la superficie del pescado de una capa viscosa y pegajosa, de color beige. Para tratar a un pescado antes de ahumarse se lo eviscera y sufre un tratamiento con sal cuya concentración de NaCl depende del nivel deseado en el pescado. La salazón es relativamente suave y por lo tanto su acción conservadora es mínima, como sucede con el eglefín, salmón y bacalao ahumados. En ciertos pescados, como arenques rojos y salmón escandinavo, el salado es más intenso y juega un importante papel en la conservación del pescado. Después de someterse a la acción de la sal, el pescado se ahuma en frío o en caliente. En el ahumado frío, empleado corrientemente, la temperatura del pescado no debe superar la de desnaturalización de sus proteínas (unos 30 ºC). El proceso que acarrea, tanto la desecación del pescado, como su impregnación con humo de madera, determina una disminución del número de bacterias, debido principalmente a las sustancias fenólicas del humo; sin embargo, globalmente los efectos de este procesado en la flora microbiana son poco importantes.
En el ahumado en caliente, empleado con ciertos productos especiales enlatados, como brisling (espadines) y sild (arenques pequeños) la temperatura del pescado llega hasta, por ejemplo, 70 ºC durante 30 minutos, con lo que sólo sobreviven las bacterias termorresistentes; consecuentemente la flora microbiana está constituida fundamentalmente por micrococos y Bacillus sp. Los cambios microbiológicos que acaecen durante el almacenamiento del pescado ahumado no se han estudiado con detalle, pero los microorganismos predominantes en el momento de la alteración dependen mucho de las condiciones de procesado. En el sometido a un salmuerado ligero y a un ahumado frío suelen predominar las pseudomonadales, pero un ligero aumento en la concentración de sal determina que sean los micrococos los dominantes. Una de las causas más corrientes de alteración del pescado ahumado es la contaminación con mohos; tanto Penicillium, como Aspergillus sp. que crecen fácilmente a temperaturas de refrigeración, se encuentran en el serrín empleado para la producción de humo y pueden desarrollarse después en el pescado almacenado. A concentraciones más altas de sal, la vida de almacén del pescado ahumado se prolonga varias semanas o meses, incluso a temperaturas ambientales altas, siendo de esperar pocos cambios en su flora microbiana.
Con respecto a los mariscos, es sus diversas variedades, tenemos que las gambas recién capturadas son muy perecederas debido a la actividad bacteriana y enzimática. La actividad bacteriana se favorece mucho por el gran contenido de aminoácidos y los enzimas anfoliticos (proteasas) degradan rápidamente las proteínas proporcionando a las bacterias un sustrato de crecimiento ideal. Debido a su naturaleza perecedera las gambas se someten, tan pronto como es posible después de su captura, a congelación o ebullición, aunque tampoco es raro conservarlas con hielo. Su flora microbiana inicial es semejante a la del pescado recién capturado, pero su almacenamiento en hielo determina un aumento de la proporción de especies de Acinetobacter/Moraxella que llegan al 80 % de la flora total en el momento de la alteración. Sin embargo, este grupo no parece ser el responsable de la alteración. Los alterantes activos son Alteromonas sp. y las pseudomonadales juegan un papel secundario en la alteración de este alimento; la alteración se acompaña del aumento del amoníaco, trimetilamina, hipoxantina y ácido acético. Los cambios autolíticos son especialmente manifiestos en las langostas, lo que las convierte en otro alimento fácilmente perecedero. Estos enzimas (proteasas) se emplean en su acondicionamiento que requiere un almacenamiento en hielo de 2 – 4 días. Como en las gambas el prolongar el almacenamiento determina un aumento manifiesto de la proporción de Acinetobacter y Moraxella que son los que predominan en el momento de la alteración. El que estos microorganismos sean o no los responsables de la alteración, caracterizada por un aumento de las concentraciones de amoniaco y trimetilamina, es algo que aún tiene que determinarse. La carne de los cangrejos también se altera rápidamente por lo que deben tratarse con agua hirviendo inmediatamente de capturados. En los cangrejos los estudios se han concentrado en la bacteriología de la carne cocida: parece lógico que la flora microbiana en el momento de la alteración esté dominada también por Acinetobacter y especies análogas. Probablemente los moluscos bivalvos que más frecuentemente se consumen son las ostras, vieiras y mejillones. El problema microbiológico más importante asociado con estos alimentos es el riesgo de toxiinfección alimentaria debido a la contaminación, relativamente frecuente, del hábitat en donde se desarrollan. Por lo tanto se necesita depurar estos alimentos en agua limpia dorada. De aquí que la flora natural de los bivalvos cambie mucho durante el tratamiento y que las características de la alteración varíen dependiendo de la eficacia del proceso de depuración. Un detalle importante de los bivalvos es la cantidad significativa de carbohidratos que presentan en su carne (3 – 6 %) que influye en el tipo de alteración. Si durante la depuración no se eliminan las bacterias fermentativas, como Escherichia coli y otros coliformes, la alteración consiste inicialmente en amargor al formarse ácidos a partir de los carbohidratos. En los moluscos debidamente depurados, mantenidos a temperaturas de refrigeración, la alteración es totalmente distinta y va asociada a un aumento de las bases volátiles y de la hipoxantina, siendo Acinetobacter/Moraxella sp., la flora dominante.

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