

La función de limpiador de registro localiza y corrige problemas como extensiones de archivos, direcciones de programas inválidas y otras entradas no validas que tenga el registro, para estar más seguros, ccleaner permite hacer una copia de seguridad al registro antes de limpiarlo solo por precaución.
En la última función llamada herramientas se pueden desinstalar programas tal y como se realizaría en el panel de control en windows. Además de desinstalar el programa ofrece la posibilidad de renombrar la entrada, borrar la entrada (eliminar del panel de control el programa pero sin desinstalar el programa) y guardar a un archivo de texto. También la función herramientas incluye la posibilidad de inhabilitar el inicio automático de algunas o de todas las aplicaciones a fin de dejar solo las necesarias para poder tener una mejor velocidad de arranque y apagado del sistema operativo, tal y como lo hace el comando msconfig de microsoft windows.

